Как известно, в ряде случаев налогоплательщик не принимает в полном объеме вычет по НДС, особенно тогда, когда итоговая сумма НДС получается к «возмещению», что автоматически влечет за собой камеральную проверку. Более того, работники налоговой инспекции иногда сами неформально советуют налогоплательщику не применять в полном объеме вычет по НДС для предотвращения ситуации, когда НДС становится к возмещению из бюджета.
До октября 2012 года ни Минфин РФ, ни ФНС России против таких действий налогоплательщиков не возражали. Так, в своих более ранних разъяснениях Минфин РФ, а также ФНС России указывали, что вычеты по НДС можно применить в более позднем периоде, но в течение трех лет с момента окончания налогового периода, в котором у налогоплательщика возникло право на вычет (Письмо Минфина России от 01.10.2009 N 03-07-11/244; Письмо ФНС России от 28.02.2012 N ЕД-3-3/631@). Подачи уточненной декларации налоговики в этом случае не требовали.
Однако, начиная с октября 2012 года Минфин РФ выпустил ряд разъяснений, где позиция по этому вопросу изменилась.
В письме N 03-07-14/02 от 15.01.2013 указано следующее: «Суммы НДС, предъявленные налогоплательщику при приобретении товаров (работ, услуг), подлежат вычету в том налоговом периоде, в котором у налогоплательщика возникло право на вычет налога».