В опубликованном 26 мая 2015 года письме ФНС № ГД-4-3/8827@ содержится точное указание – да, должна. Если компания передала своей «дочке» основное средство для пополнения чистых активов, то с такой операции она должна начислить и перечислить в бюджет НДС.
Налоговики опираются на то, что в этом случае происходит передача имущества в собственность другой компании. Передача права собственности в такой ситуации с точки зрения НК РФ является реализацией. А согласно п. 1 ст. 146 НК РФ реализация товаров (работ, услуг) или передача имущественных прав на территории РФ – объект обложения НДС.
Второй вопрос, который затрагивается в письме – может ли тогда та организация, которой передано имущество, получить вычет по НДС, в связи с этой операцией? ФНС дает отрицательный ответ - при такой передаче основных средств материнская компания не предъявляет дочерней организации НДС к оплате. Полученные счета-фактуры в книге покупок не регистрируются (п. 19 раздел II Правил ведения книги покупок, утвержденных постановлением Правительства Российской Федерации от 26.12.2011 № 1137). А значит, и нет основания для вычета НДС, выделенного в этих счетах-фактурах (п. 2 ст. 171 НК РФ).