• правовые основания использования вами офисных, складских и пр. помещений, соответствие размеров и назначения фактически занимаемых площадей данным по документам,
• юридическое оформление объектов недвижимости в собственности и аренде,
• правовое основание нахождения объектов имущества на вашей территории,
• оформление трудовых, гражданско-правовых отношений с людьми, работающими на территории вашей организации,
• состав и содержание документации как в бумажной, так и в электронной форме, находящейся в свободном доступе. Может быть произведена выемка предметов и документов,
• проведите инструктаж сотрудников на случай необходимости дачи свидетельских показаний,
• проверьте всех контрагентов-поставщиков по значимым и/или регулярным поставкам на предмет их фактического существования. В порядке статьи 93.1 НК РФ у них могут быть истребованы документы (информация) о вас или информации о конкретных сделках с вами,
• с момента вручения требования о предоставлении документов начинайте переговорный процесс, в какие сроки какие документы и в каком виде должны быть предоставлены, поскольку содержание требования носит крайне общий характер.

А также на следующие общие моменты:

• выездная проверка не может продолжаться более двух месяцев. Указанный срок может быть обоснованно продлен до четырех месяцев, а в исключительных случаях - до шести месяцев;
• окончание проверки оформляется справкой о проведенной проверке, в которой фиксируются предмет проверки и сроки ее проведения;
• срок проведения выездной налоговой проверки составляет время фактического нахождения проверяющих на территории;
• по результатам проверки в течение двух месяцев со дня составления справки должен быть подготовлен акт налоговой проверки по установленной форме.