6-НДФЛ необходимо подавать только по месту учета одного из филиалов

Если компания имеет обособленные подразделения, находящиеся на территории одного муниципального образования, но подведомственные разным территориальным налоговым органам, то она вправе выбрать любой из них для постановки на учет. Соответственно и подавать расчет 6-НДФЛ необходимо только в выбранную инспекцию.

Указания Минфина в Письме от 19.11.2015 № 03-04-06/66970, о необходимости представления расчета 6-НДФЛ по месту нахождения обособленных подразделений, является ошибкой вследствие не учета изменений, внесенных в НК РФ законом ФЗ от 28.11.2015 № 327-ФЗ "О внесении изменений в часть вторую Налогового кодекса Российской Федерации"