Налоговые агенты - российские организации, имеющие обособленные подразделения, обязаны перечислять исчисленные и удержанные суммы налога в бюджет как по месту своего нахождения, так и по месту нахождения каждого своего обособленного подразделения (пункт 7 статьи 226 Кодекса).

Учитывая изложенное, расчет по форме 6-НДФЛ заполняется налоговым агентом отдельно по каждому обособленному подразделению, включая те случаи, когда обособленные подразделения находятся в одном муниципальном образовании.

При этом согласно пункту 2.2 раздела II Порядка заполнения и представления расчета сумм налога на доходы физических лиц, исчисленных и удержанных налоговым агентом по форме 6-НДФЛ, утвержденного приказом ФНС России от 14.10.2015 N ММВ-7-11/450@, в случае заполнения формы расчета организацией, имеющей обособленные подразделения, по строке "КПП" указывается КПП по месту учета организации по месту нахождения ее обособленного подразделения.