При уплате продавцом НДС по освобожденной операции, входной налог можно будет принять к вычету

Если при реализации товара по операции, освобожденной от НДС, продавцом, тем не менее, был выставлен счет-фактура и предъявлен покупателю,  а НДС был перечислен в бюджет, то в таком случае "входной" налог может быть принят к вычету.

Что касается применения вычетов сумм НДС, предъявленных налогоплательщику при приобретении услуг, освобожденных от налогообложения, то суммы НДС, предъявленные покупателю при приобретении услуг, освобожденных от налогообложения, налогоплательщик-покупатель вправе принять к вычету в порядке и на условиях, установленных статьями 171 и 172 НК РФ, за исключением случаев получения необоснованной налоговой выгоды.

Письмо ФНС России от 23.09.2016 № СД-4-3/17871@