Организация может учесть в расходах затраты на жилье для командированного в соседний город, если работник имел возможность каждый вечер возвращаться домой

Если работник по окончании рабочего дня по согласованию с руководителем организации остается в месте командирования, то расходы по найму жилого помещения при представлении соответствующих документов возмещаются работнику в размерах, определяемых коллективным договором или локальным нормативным актом (абзац 6 пункта 11 Положения). Согласие руководителя лучше оформить на бумаге, а не по телефону или смс. Иначе расходы будет невозможно подтвердить документально.

На основании подпункта 12 пункта 1 статьи 264 НК РФ к прочим расходам, связанным с производством и реализацией, относятся расходы на командировки, в частности, затраты на наем жилого помещения.
При этом вопрос о целесообразности ежедневного возвращения работника из места командирования к месту постоянного жительства в каждом конкретном случае решается руководителем организации с учетом дальности расстояния, условий транспортного сообщения, характера выполняемого задания, а также необходимости создания работнику условий для отдыха.

Письмо Минфина России от 10.10.2016 №03-04-06/58957.