ФНС России в порядке контроля за деятельностью УФНС отменила решение УФНС как незаконное и оставила в силе решения инспекции о привлечении ООО к ответственности.
Основанием для принятия ФНС России решения послужили, в том числе, сообщения ГУБЭП МВД России о наличии в производстве уголовных дел по статьям 193.1, 199 УК РФ, возбужденных по материалам проверок, проведенных ФСБ России.
У вышестоящего налогового органа есть возможность отмены такого решения нижестоящего органа, которым налогоплательщику были предоставлены определенные льготы (преимущества, вычеты), в том числе решения о возмещении НДС (статья 176 НК РФ), в случае, когда оно было принято в нарушение требований законодательства о налогах и сборах.